1-Alerjik maddeler,genetik mühendisliği yoluyla bireylerin güvenli olduğunu düşündükleri için tüketmekte sakınca görmediği besinlere aktarılabilmektedir.Bu durumda birey alerjik maddeleri taşıdığını bilmediği besinleri tüketerek kendini riske atabilmektedir. 2-Transgenik bitki üretiminde gen aktarımının başarılı olduğu organizmalrı seçmek için kullanılan antibiyotiğe direnç genlerinin patojen mikroorganizmalara geçmesi durumunda bu bakterilerin neden olduğu enfeksiyonların kontrol altına almak zorlaşabilir.
