Dalton'un atom teorisinin beş ana noktası vardı:
Elementler, atom denen küçük parçacıklardan oluşmuştur
Herhangi bir elementin tüm atomları birbirinin aynıdır
Bir elementin atomları, başka bir elementin atomlarından farklıdır
Bir elementin atomları, başka bir elementin atomlarıyla birleşerek bileşikler oluşturabilir. Herhangi bir bileşik, farklı elementlerinden hep aynı oranda içerir.
Atomlar kimyasal bir süreç ile üretilemez, daha küçük parçalara bölünemez ve yok edilemez. Kimyasal reaksiyonlar sadece atomların birbirleriyle nasıl gruplandıklarını değiştirir.
Ne yazık ki, bunların dışında bir madde daha vardı ve bu madde teorinin kabul görmesini yıllarca engelledi.
Atomlar birleştiğinde aksine bir sebep yoksa hep bire bir bileşikler oluştururlar Daltonun bu maddeyi destekleyecek kanıtı yoktu ve bu madde yüzünden suyun formülünün OH ve amonyumunkinin NH olduğunu düşünüyordu. Deneysel veriler bu durumla uyuşmadığından teorisi yıllarca kabul görmedi.
Dalton'un atom teorisine ait maddelerden ikisi dışında hepsi reaksiyon sayılmazlar. Ayrıca "Herhangi bir elementin tüm atomları birbirinin aynıdır" maddesi de elementlerin farklı izotoplarının olması tarafından çürütülmektedir. İzotopların proton sayısı aynıdır fakat nötron sayıları farklıdır.
