Atom, Antik çağda yetişen pek çok düşünürle birlikte, maddenin yapısı sorgulanmaya başlamıştır. İlk kez Thales evreni anlamanın yolunun maddeyi anlamaktan geçtiğini ifade ederek, materyalist felsefeye ilk adımı atmıştır. Daha sonra Anaximander, evreni oluşturan apeiron denen bitmez, değişmez, görünmez bir maddeden bahsetmiştir. Empedocles, tüm varlıkların dört elementten yani ateş, hava, su, topraktan oluştuğunu ifade etmiştir. Empedocles'in bu düşüncesi, büyük otoritesi ile 1500 yıl bilim dünyasını egemenliği altına alan Aristo tarafından iyice yerleştirilmiştir.
