Karamanlı bir ailenin çocuğu olan Ahmet Muhyiddin Pîrî'nin ailesi Fatih Sultan Mehmed devrinde padişahın emri ile Karaman ülkesinden İstanbul'a göç ettirilen ailelerdendir. Aile bir süre İstanbul'da yaşamış, sonra Gelibolu'ya göç etmiştir. Pîrî Reis'in babası Karamanlı Hacı Mehmet, amcası ise ünlü denizci Kemal Reis'tir.
Pîrî denizciliğe amcası Kemal Reis'in yanında başladı; 1487-1493 yılları arasında birlikte Akdeniz'de korsanlık yaptılar; Sicilya, Korsika, Sardunya ve Fransakıyılarına yapılan akınlara katıldılar. 1486'da Endülüs'te Müslümanların hakimiyetindeki son şehir olan Gırnata'da katliama uğrayan Müslümanlar Osmanlı Devleti'nden yardım isteyince o yıllarda deniz aşırı sefere çıkacak donanması bulunmayan Osmanlı Devleti, Kemal Reis'i Osmanlı Bayrağı altında İspanya'ya gönderdi. Bu sefere katılan Pîrî Reis, amcası ile birlikte müslümanları İspanya'dan Kuzey Afrika'ya taşıdı.
Venedik üzerine sefer hazırlığına girişen II. Beyazid'in Akdeniz'de korsanlık yapan denizcileri Osmanlı donanmasına katılmaya çağırması üzerine 1494'te amcası ile birlikte İstanbul'da padişahın huzuruna çıktı ve birlikte donanmanın resmi hizmetine girdiler.
Pîrî Reis, Osmanlı Donanması'nın Venedik Donanması'na karşı sağlamaya çalıştığı deniz kontrolü mücadelesinde Osmanlı donanmasında gemi komutanı olarak yer aldı, böylece ilk kez savaş kaptanı oldu. Yaptığı başarılı savaşların sonucunda Venedikliler barış istediler ve iki devlet arasında bir barış anlaşması yapıldı. Pîrî Reis, 1495-1510 yıllarında İnebahtı, Moton, Koron, Navarin, Midilli, Rodos gibi deniz seferlerinde görev aldı. Akdeniz'de yaptığı seyirler sırasında gördüğü yerleri ve yaşadığı olayları, daha sonra Kitab-ı Bahriye adıyla dünya denizciliğinin de ilk kılavuz kitabı olma özelliğini taşıyacak olan kitabının taslağı olarak kaydetti.
