Bileşik yapılı enzimler ise protein ve protein olmayan iki farklı kısımdan oluşur. a. Apoenzim (Protein kısmı): proteinden oluşur. enzimin hangi maddeye etki edeceğini belirler. DNA’ya göre sentezlenir. Yani enzimin özelliğini sağlayan apoenzimdir ve enzimden enzime farklılık gösterir. b. Yardımcı kısım: Aktifleştirici kısım olarak da bilinen bu kısım enzimin asıl işi yapan kısmıdır. Proteinlere göre daha küçük moleküllüdür. Yardımcı kısım, organik veya inorganik maddelerden meydana gelir. Eğer enzimin yardımcı kısmı vitaminler gibi organik bir maddeden oluşuyorsa buna koenzim denir. Koenzimleri oluşturan organik moleküller genellikle vitaminler, NAD, FAD’dır. Eğer enzim yardımcı kısmı Ca++, Mg++, Zn++, K+ gibi inorganik maddelerden(minerallerden) oluşuyorsa buna kofaktör bu maddelere de kofaktörler denir.
